尼奥（基努·里维斯 Keanu Reeves 饰）和崔妮蒂（凯瑞-安·莫斯 Carrie-Anne Moss 饰）重回矩阵：在这里，一个是矩阵创造出来，周而复始的日常世界，另一个则是隐藏其后，真实的人类世界。为了弄清楚自己所处的“现实”究竟是真是假，尼奥不得不再次做出选择…而他们在这地下洞窟里究竟要待上多少日子却还不定；累了，也要坐下来休息几个小时；困了，当然也要睡觉，在这除了石头还是石头的地下..